Chamamos isso de Escusa de Consciência
Assegurada na Constituição Federal, art. 5º, VIII:
“ninguém será privado de direitos por motivo de crença religiosa ou de convicção filosófica ou política, salvo se as invocar para eximir-se de obrigação legal a todos imposta e recusar-se a cumprir prestação alternativa, fixada em lei”
Ou seja, sim, há o direito de recusar o atendimento a um paciente, caso seja contra a crença religiosa, moral ou política do médico.
Código de Ética Médica
Nos Direitos do Médico, Capítulo II, Inciso IX, há o direito de recusa a realizar atos médicos, mesmo que permitidos por lei, se forem contrários à sua consciência.
Por exemplo, caso de gravidez resultante de crime de estupro, em que é previsto o procedimento de aborto.
Limitações
Mas, só é permitido se houver outro profissional pra atender o paciente; e se o caso não é de urgência ou emergência.